Crystallochemistry laboratory

Faculty of Chemistry, University of Warsaw

  • Increase font size
  • Default font size
  • Decrease font size

dr hab. Paulina Maria Dominiak

Print
Article Index
dr hab. Paulina Maria Dominiak
Curriculum Vitae
Publication list
All Pages

Leader of the Electron Density Modelling Group

Scientific interest:

  • structural biology and chemistry
  • electron density modelling
  • experimental charge density studies of small molecules
  • pseudoatom databases
  • developement of new methods of X-ray diffraction data analysis
  • estimation of intermolecular interaction energies
  • role of intermolecular interactions in protein or nucleic acid complexes and in organic crystals
  • relation between intermolecular interactions and crystal architecture, structure of macromolecules or molecular recognition

phone: +48 22 55 26 714

email: This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it


 

ZATRUDNIENIE

 

Od 2007 Adiunkt
Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski, Warszawa, Polska.

2005-2006 Postdoctoral Research Associate & Research Instructor
Department of Chemistry, State University of New York at Buffalo, Buffalo, NY, USA. Grupa prof. Philipa Coppensa.

WYKSZTAŁCENIE

2005 Doktor chemii
Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski, Warszawa, Polska.
Tytuł pracy doktorskiej: „Weak Interactions at Different Levels of Complexity in the Solid State”. Promotor prof. dr hab. Krzysztof Woźniak.

2001 Magister chemii (z wyróżnieniem)
Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski, Warszawa, Polska.
Tytuł pracy magisterskiej: „H-Bonding Dependent Structures of (NH4+)3H+(SO42–)2”. Promotor prof. dr hab. Krzysztof Woźniak.

2000 Magister biologii o specjalności biologia molekularna (z wyróżnieniem)
Wydział Biologii, Universytet Warszawski, Warszawa, Polska.
Tytuł pracy magisterskiej: „Wpływ wybranych odczynników reagujących specyficznie z określonymi resztami aminokwasowymi na aktywność glukozylotransferaz UDP-glukoza : diosgenina i UDP-glukoza : solasodyna z bakłażana (Solanum melongena L.)”. Promotor prof. dr hab. Zdzislaw A. Wojciechowski.

1995-2000 Międzywydziałowe Indywidualne Studia Matematyczno-Przyrodnicze, Uniwersytet Warszawski, Warszawa, Polska.

STAŻE NAUKOWE

wrz. 2009 Visiting Professor
CRM2 UMR CNRS 7036, Universite Henri Poincare, Faculte des Science et Techniques, Vandoeuvre les Nancy, Francja.

lip. 2007 Visiting Professor
Department of Chemistry, State University of New York at Buffalo, Buffalo, NY, USA.

maj – lip. 2003 Foreign Exchange Visitor
National Space Science Technology Center, Huntsville, AL, USA. Grupa dr. Ewy M. Ciszak.

stycz. – sierp. 2002 Visiting Fellow
Structural Biology Laboratory under USRA’s Microgravity Program at NASA Space Flight Center, Huntsville, AL, USA. Grupa dr. Ewy M. Ciszak.

Granty

  1. Rozwijanie banku asferycznych atomów UBDB i jego zastosowania w rentgenografii oraz w badaniach układów biomolekularnych, 2012-, ICM Uniwersytet Warszawski, kierownik,
    grant obliczeniowy, G50-12, 0 zł

  2. Charakterystyka miedzyczasteczkowych oddziaływan analogów komplementarnych par zasad azotowych nukleotydów na podstawie analizy rozkładu gestosci elektronowych kryształów, 2012-2014, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, opiekun naukowy, kierownik: Pani U. Budniak
    DIAMENTOWY grant, 0124/DIA/2012/41, 131 500 zł

  3. Struktura i rozkład gęstości elektronowej w kryształach jako źródło informacji o oddziaływaniach substancji farmaceutycznych, 2013-2017, Narodowe Centrum Nauki, wykonawca, kierownik: prof. K. Woźniak
    MAESTRO, UMO-2012/04/A/ST5/00609, 2 970 219 zł

  4. Extending the power of X-ray analysis of macromolecular crystal data, 2011-2014, Fundacja na rzecz Nauki Polskiej, kierownik,
    POMOST, POMOST/2010-2/3, 649 500 zł

  5. Optymalizacja nowej metody badawczej w rentgenografii wykorzystującej bank asferycznych atomów, 2010-2012, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, kierownik,
    Iuventus +, IP2010 0076/70, 200 000 zł

  6. Charakterystyka oddziaływań między zasadami azotowymi nukleotydów na podstawie eksperymentalnie wyznaczonych rozkładów gęstości elektronowych, 2010-2013, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, kierownik,
    grant badawczy własny, N N204 129138, 409 100 zł

  7. Nawiązanie współpracy Uniwersytetu Warszawskiego i Uniwersytetu w Getyndze na temat "Różne zastosowania banków asferycznych atomów" - wspólna publikacja, seminaria, 2009-2009, Fundacja Współpracy Polsko-Niemieckiej, Grupa Dr. Birgera Dittricha, Instytut Chemii Nieorganicznej, Uniwersytet w Getyndze,
    mały grant, 12331/09/GB, 5 000 zł

  8. Electrostatics of Biological Macromolecules from Crystallographic Data, 2007-2009, Fundacja na rzecz Nauki Polskiej, kierownik,
    POWROTY, HOM/ed2007/3, 129 750 zł

  9. Elektrostatyka makrocząsteczek biologicznych z danych krystalograficznych przy użyciu banku asferycznych atomów, 2007-2008, Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego, kierownik,
    grant na badania własne, 120000-501/68-BW-175601, 10 000 zł

  10. Natura wiązania N→P w peri-podstawionych naftalenach, 2003-2005, Komitet Badań Naukowych, wykonawca,
    grant promotorski, 4 T09A 121 25, kierownik K. Woźniak, 34 270 zł

 


 

Original Papers

 

49.  Bojarowski S. A., Kumar P., Dominiak* P. M., 2016, A Universal and Straightforward Approach to Include Penetration Effects in Electrostatic Interaction Energy Estimation. ChemPhysChem, 17, 2455-2460. Inside Back Cover Page

48.  Woinska M., Grabowsky* S., Dominiak P. M., Wozniak K., Jayatilaka D., 2016, Hydrogen atoms can be located accurately and precisely by x-ray crystallography. Science Adv., 2, e1600192.

47.  Adamczyk-Wozniak A., Cabaj M. K., Dominiak P. M., Gajowiec P., Gierczyk B., Lipok J., Popenda L., Schroeder G., Tomecka E., Urbanski P., Wieczorek D., Sporzynski* A., 2015, The influence of fluorine position on the properties of fluorobenzoxaboroles, Bioorganic Chem., 60, 130-135.

46.  Kulik M. Goral A. M., Jasinski M., Dominiak P. M., Trylska* J., 2015, Electrostatic Interactions in Aminoglycoside-RNA Complexes. Biophys. J., 108, 655-665. Cover Page

45.  Woinska, M., Jayatilaka D., Spackman M. A., Edwards A. J., Dominiak P. M., Wozniak K., Nishibori E., Sugimoto K., Grabowsky* S., 2014, Hirshfeld atom refinement for modelling strong hydrogen bonds. Acta Crystallogr. A, 70, 483-498.

44.  Malinska* M. Jarzembska K. N., Goral A. M., Kutner A., Wozniak K., Dominiak* P. M., 2014, Sunitinib: from charge-density studies to interaction with proteins. Acta Crystallogr.  D, 70, 1257-1270.

43.  Kumar P., Bojarowski S. A., Jarzembska K. N., Domagala S. Vanommeslaeghe K., MacKerell A. D. Jr., Dominiak* P. M., 2014, A Comparative Study of Transferable Aspherical Pseudoatom Databank and Classical Force Fields for Predicting Electrostatic Interactions in Molecular Dimers. J. Chem. Theory Comput., 10, 1652-1664.

42.  Dominiak* P. M., 2014, Znaczenie i przykłady zastosowania banków pseudoatomów asferycznych w krystalografii małych cząsteczek i ich potencjalne wykorzystanie w krystalografii makromolekuł. Wiadomości Chemiczne, 68, 5-6.

41.  Jarzembska* K. N., Kaminski R., Wenger E., Lecomte C. & Dominiak P. M., 2013, The Interplay Between Charge Density Distribution, Crystal Structure Energetic Features and Crystal Morphology of 6-Methyl-2-Thiouracil. J. Phys. Chem. C, 117, 7764-7775.

40.  Woińska  M. & Dominiak* P. M., 2013, Transferability of Atomic Multipoles in Amino Acids and Peptides for Various Density Partitions. J. Phys. Chem. A, 117, 1535-1547.

39.  Wesela-Bauman* G., Boiński T., Dominiak P., Hajmowicz H., Synoradzki L., Wierzbicki M., Woliński B., Woźniak, K. & Zawada K., 2013, Tartaric acid and its O-acyl derivatives. 7. Crystal structure of O-p-anisoyl-D-tartaric acid and its dimethylammonium salt trihydrate.J. Struct. Chem., 54, 155-158.

38.  Jarzembska* K. N. , Goral A. M., Gajda R. & Dominiak* P. M., 2013, Hoogsteen-Watson-Crick 9-methyladenine:1-methylthymine complex: charge density study in the context of crystal engineering and nucleic acid base pairingCryst. Growth & Design, 13, 239-254.

37.  Bąk J. M., Czyżnikowska Z. &  Dominiak* P. M., 2012, Is it possible to derive quantitative information on polarization of electron density from the multipolar model?, Acta Crystallogr. A, 68, 705-714.

36.  Jarzembska* K. N., Kubsik M., Kamiński R., Woźniak K. & Dominiak* P. M., 2012, From a Single Molecule to Molecular Crystal Architectures: Structural and Energetic Studies of Selected Uracil Derivatives, Cryst. Growth & Design, 12, 2508-2524.

35.  Jarzembska* K. N. & Dominiak* P. M., 2012, New version of the theoretical databank of transferable aspherical pseudoatoms, UBDB2011-towards nucleic acid modelling, Acta Crystallogr. A,68, 139-147.

34.  Bąk J. M., Domagała S., Hübschle C., Jelsch C., Dittrich B. & Dominiak* P. M., 2011, Verification of structural and electrostatic properties obtained by the use of different pseudoatom databases, Acta Crystallogr. A. 67, 141-153.

33.  Czyżnikowska* Ż., Góra R. W., Zaleśny R., Lipkowski P. Jarzembska K. N., Dominiak P. M. & Leszczyński J. 2010, Structural Variability and the Nature of Intermolecular Interactions in Watson-Crick B-DNA Base Pairs. J. Phys. Chem. B, 114, 9629-9644.

32.  Yeap* G.Y., Yam W.S., Dominiak P., Ito M. M., 2010, Synthesis and structural study on heterocyclic compounds 7-decanoyloxy-3-(4 '-substitutedpheny1)-4H-1-benzopyran-4-ones: Crystal structure of 7-decanoyloxy-3-(4 '-methylphenyl)-4H-1-benzopyran-4-one. J. Mol. Struct., 967, 25-33.

31.  Bąk J. M., Dominiak P. M., Wilson C. C. & Woźniak* K., 2009, Experimental charge-density study of paracetamol – multipole refinement in the presence of a disordered methyl group, Acta Crystallogr. A, 65, 490-500.

30.  Hoser A. A., Dominiak P. M. & Woźniak* K., 2009, Towards the best model for hydrogen atoms in experimental charge density refinement. Acta Crystallogr.A, 65, 300-311.

29.  Dominiak* P. M., Volkov A., Dominiak A. P., Jarzembska K. N. & Coppens* P., 2009, Combining crystallographic information and an aspherical-atom data bank in the evaluation of the electrostatic interaction energy in an enzyme-substrate complex: influenza neuraminidase inhibition. Acta Crystallogr. D, 65, 485-499. Cover Page

28.  Grolik J., Dominiak P. M., Sieroń L., Woźniak K., Eilmes* J., 2008, New lacunar-type and pendant groups containing derivatives of β-unsubstituted dibenzotetraaza[14]annulenes — syntheses and crystal structures. Tetrahedron, 64, 7796-7806.

27.  Smirnov L. S., Wozniak K., Dominiak P., Loose A., Natkaniec I., Frontasyeva M. V., Pomyakushina E. V.,  Baranov A. I. &  Dolbinina V. V., 2008, Refinement of the Crystal Structure of [Rbx(NH4)1 –x]3H(SO4)2(x= 0.11) by Single-Crystal X-ray and Neutron Diffraction: I. Phase II at 300 K. Crystallogr. Rep., 53, 418-427.

26.  Galińska M., Korybut-Daszkiewicz* B., Wawrzyniak U. E., Bilewicz* R., Śledź P., Kamiński R., Dominiak P. & Woźniak* K., 2008, Bis- and Tris(tetraazamacrocyclic) Copper Complexes with Disulfide Linkers. Eur. J. Inorg. Chem., 2008, 2295-2301.

25.  Reehuis M., Wozniak K., Dominiak P., Smirnov L. S., Natkaniec I., Baranov A. I. & Dolbinina V. V., 2007, Refinement of the (NH4)3H(SO4)2 Crystal Structure: II. X-Ray and Neutron Single-Crystal Diffraction from Phase II at Room Temperature. J. Surf. Investig. X-ray, Synchro. and Neutron Tech., 1, 637-644.

24.  Pearsal M., Gembicky* M., Dominiak P., Larsen A., Coppens P., 2007, Di-μ-nitrosyl-bis[(η5-pentamethylcyclopentadienyl)ruthenium(0)](Ru-Ru). Acta Crystallogr. E, 63, m2596.

23.  Nikolai J., Loe Ø., Dominiak  P. M., Gerlitz O. O., Autschbach* J. & Davies* H. M. L., 2007, Mechanistic Studies of UV Assisted [4 + 2] Cycloadditions in Synthetic Efforts toward Vibsanin E. J. Am. Chem. Soc., 129, 10763-10772.

22.  Seifert F., Ciszak E, Korotchkina L., Golbik R., Spinka M., Dominiak P., Sidhu S., Brauer J., Patel* M. S. & Tittmann* K., 2007, Phosphorylation of Serine 264 Impedes Active Site Accessibility in the E1 Component of the Human Pyruvate Dehydrogenase Multienzyme Complex‡. Biochemistry, 46, 6277-6287.

21.  Dominiak P. M., Schiemenz G. P. & Woźniak* K., 2007, Statistical Analysis of Consequences of peri-Interactions in 1-Si, 8-N- (and 1-X, 8-Y-) Substituted Naphthalenes. Polish J. Chem., 81, 663-681.

20.  Smirnov* L. S., Melnyk G., Zink N., Woźniak K., Dominiak P., Pawlukojc A., Shuvalov L. A. & Loose A., 2007, Refinement of Hydrogen Positions in (NH4)2SeO4. J. Surf. Investig. X-ray, Synchro. and Neutron Tech., 1, 113-119.

19.  Dominiak* P. M., Volkov* A., Li X., Messerschmidt M. & Coppens* P., 2007, Theoretical Databank of Transferable Aspherical Atoms and Its Application to Electrostatic Interaction Energy Calculations of Macromolecules. J. Chem. Theory Comput., 3, 232-247.

18.  You* Y., Daniels T. S., Dominiak P. M. & Detty M. R., 2007, Synthesis, spectral data, and crystal structure of two novel substitution patterns in dithiaporphyrins. J. Porphyr. Phthalocyanines, 11, 1-9.

17.  Zheng* S. –L., Gembicky M., Messerschmidt M., Dominiak P. M., & Coppens* P., 2006, The Effect of the Environment on Molecular Properties: Synthesis, Structure, and Photoluminescence of  Cu(I) Bis(2,9-dimethyl-1,10-phenanthroline) Nanoclusters in Eight Different  Supramolecular Frameworks. Inorg. Chem., 45, 9281-9289.

16.  Hedley  S. J., Ventura  D. L., Dominiak  P. M., Nygren C. L. & Davies*  H. M. L., 2006, Investigation into Factors Influencing Stereoselectivity in the Reactions of Heterocycles with Donor-Acceptor-Substituted Rhodium Carbenoids. J. Org. Chem., 71, 5349-5356.

15.  West-Nielsen M., Dominiak P. M., Woźniak K., Hansen* P. E., 2006, Strong intramolecular hydrogen bonding involving nitro- and acetyl groups. Deuterium isotope effects on chemical shifts. J. Mol. Struct., 789, 81-91.

14.  Dominiak* P. M. & Coppens* P., 2006, Finding optimal radial-function parameters for S atoms in the Hansen–Coppens multipole model through refinement of theoretical densities, Acta Crystallogr. A, 62, 224-227.

13.  Dominiak P. M., Makal A., Mallinson P. R., Trzcińska K., Eilmes J., Grech E., Chruszcz M., Minor* W. & Woźniak* K., 2006, Continua of Interactions between Pairs of Atoms in Molecular Crystals. Chem. -Eur. J., 12, 1941-1949.

12.  Coppens* P., Zheng S. –L., Gembicky M., Messerschmidt M. & Dominiak P. M., 2006, Supramolecular solids and time-resolved diffraction. Crystengcomm., 8, 735-741.

11.  Galan B. R., Gembicky M., Dominiak P. M., Keister* J. B. & Diver* S. T., 2005, Carbon Monoxide-Promoted Carbene Insertion into the Aryl Substituent of an N-Heterocyclic Carbene Ligand: Buchner Reaction in a Ruthenium Carbene Complex. J. Am. Chem. Soc., 127, 15702-15703.

10.  Dominiak P. M., Petersen S., Schiemenz B., Schiemenz* G. P., Woźniak* K., 2005, peri- Interactions in naphthalenes, 13 8-Dimethylamino-naphth-1-yl carbinols as model systems for potential N → Si/P interactions. J. Mol. Struct., 751, 172-183.

9.     Dominiak P. M., Filarowski A., Hansen P. E. & Woźniak* K., 2005, Factor Analysis of Deuterium Isotope Effects on 13C NMR Chemical Shifts in Schiff Bases. Chem. -Eur. J., 11, 4758-4766.

8.     Kołodziejski W., Woźniak K., Herold J., Dominiak P. M., Kutner* A., 2005, Crystal and molecular structure of 1α-hydroxylated analogs of vitamins D. J. Mol. Struct., 734, 149-155.

7.     Natarajan R., Savitha G., Dominiak P., Woźniak K., and Moorthy* J. N., 2005, Corundum, Diamond, and PtS Metal-Organic Frameworks with a Difference: Self-Assembly of a Unique Pair of 3-Connecting D2d-Symmetric 3,3',5,5'-Tetrakis(4-pyridyl)bimesityl. Angew. Chem. -Int. Edit., 44, 2115-2119.

6.     Kołodziej B., Dominiak P. M., Kościelecka A., Schilf, W.  Grech E.,  Woźniak* K., 2004, Neutral and ionic multiple hydrogen bonded moieties in crystal structure of a one tripodal Schiff base. J. Mol. Struct., 691, 133-139.

5.     Ciszak* E., Korotchkina L. G., Dominiak P. M., Sidhu S. & Patel M. S., 2003, Structural Basis for Flip-Flop Action of Thiamin Pyrophosphate-dependent Enzymes Revealed by Human Pyruvate Dehydrogenase. J. Biol. Chem., 278, 21240-21246.

4.     Dominiak P. M., Herold J., Kołodziejski W. & Woźniak* K., 2003, H-Bonding Dependent Structures of (NH4+)3H+(SO42-)2. Mechanisms of Phase Transitions. Inorg. Chem., 42, 1590-1598.

3.     Dominiak  P. M., Grech  E., Barr  G., Tear  S., Mallinson  P. & Woźniak* K., 2003, Neutral and Ionic Hydrogen Bonding in Schiff Bases. Chem. -Eur. J., 9, 963-970.

2.     Nawłoka P., Kalinowska  M., Pączkowski C. & Wojciechowski* Z. A.  2003, Evidence for essential histidine and dicarboxylic amino-acid residues in the active site of UDP-glucose : solasodine glucosyltransferase from eggplant leaves. Acta Biochim. Pol., 50, 567-572.

1.     Schiemenz* G. P., Pörksen S., Dominiak P. M. & Woźniak, K., 2002, peri-Interactions in Naphthalenes, 6. On Hypercoordination of Phosphorus in 8-Dialkylamino-naphth-1-yl Phosphonium Salts, Z. Naturforsch.(B), 57, 8-18.

 

Monographs

1. Dominiak, P. M.; Espinosa, E.; Angyan, J. G. „Intermolecular interaction energies from experimental charge density studies.” in Modern Charge-Density Analysis, Gatti, C. & Macchi, P., (ed.) 2012, Springer London, 387-433.

 

Last Updated on Friday, 11 August 2017 06:14  
Banner


We use cookies to improve our website and your experience when using it. Cookies used for the essential operation of the site have already been set. To find out more about the cookies we use and how to delete them, see our privacy policy.

I accept cookies from this site.

EU Cookie Directive Module Information